核酸増幅検査のこと。C.difficline感染を疑う場合に行い、C.difficleのトキシンB遺伝子に対してPCR法を行う。感度、特異度が高く迅速に結果が得られる。GDH抗原（＋）で、トキシン（−）の場合に、追加検査として行うことがある。