H.pyloriの検査法には、内視鏡を用いる侵襲的な方法と内視鏡を用いない非侵襲的な方法がある。内視鏡を用いる検査（迅速ウレアーゼ試験、鏡検法、培養法）は、他の上部消化管疾患の有無も確認できる一方、限局された箇所を生検するため常に偽陰性の可能性があり、生検部位に関して注意が必要である。内視鏡を用いない検査（尿素呼気試験、抗H.pylori抗体測定、便中H.pylori抗原測定）は、胃全体を検査対象にできる一方、他の上部消化管疾患の有無を確認できないという点に注意が必要である。